Cita-cita pendirian Program Pascasarjana Universitas Islam Riau (UIR) telah dicetuskan semenjak pendiri YLPI seperti H. Soeman HS, K.H. Zaini Kunin dan Rektor UIR H. Rawi Kunin, S.H. periode 1986-1992. Untuk mewujudkan cita-cita tersebut, Rektor UIR mulai mengambil langkah dengan memberikan kesempatan bagi dosen-dosen untuk tugas dan izin belajarke jenjang Strata 2 (S2) dan Strata 3 (S3) baik dalam negeri maupun luar negeri. Perjuangan pendirian Program Pascasarjana UIR dilanjutkan oleh Rektor Dr. Ir. Tengku Dahril, MSc setelah wafatnya Rektor H. Rawi Kunin, SH.

Pada bulan Juli tahun 2000 telah dibentuk Tim Persiapan Pembentukan Program Pascasarjana UIR Program Magister (S2) Ilmu Hukum yang diketuai oleh Dr. H. Syafrinaldi, SH, MCL. Usaha mewujudkan Program Pascasarjana UIR membuah hasil pada kepemimpinan Rektor Prof. Dr. Ir. Hasan Basri Jumin, MS, MSc. Pada bulan September 2003 dikeluarkan izin pembukaan Program Magister (S2) Ilmu Agronomi dengan SK No. 2283/D/T/2003 tanggal 5 September 2003.

Maka mulai tanggal tersebut dibentuklah Pengelola Program Magister (S2) Ilmu Agronomi UIR yang diketuai oleh Drs. Maizar MP, melalui Surat Keputusan No 47/UIR/Kpts/2003 tanggal 5 September 2003 dan diperintahkan untuk segera mengoperasionalkan Surat Keputusan Dikti tersebut dengan melakukan penerimaan Mahasiswa Program Magister (S2) Ilmu Agronomi.

Sejarah telah mencatat, bahwa Program Magister (S2) Ilmu Agronomi merupakan Program Pascasarjana secara mandiri yang pertama ada di Kampus UIR. Lima bulan setelah itu, pada tanggal 18 Pebruari 2004 Ditjen Dikti mengabulkan permohonan Program Magister (S2) Ilmu Hukum UIR melalui SK Ditjen Dikti No : 681/D/T/2004.

Berdasarkan rekomendasi Senat UIR, Rektor menerbitkan Surat Keputusan No. 53/UIR/Kpts/2004 tanggal 1 April 2004 menunjuk Prof. Dr. Syafrinaldi, S.H., MCL sebagai Direktur Program Pascasarjana Periode 2004-2008. Pada saat yang sama denganSuratKeputusanRektor No : 54/UIR/Kpts/2004 tanggal 1 April 2004 mengangkat Arifin Bur, S.H., M.Hum sebagai Ketua Program Magister (S2) Ilmu Hukum periode 2004-2008.Pada tahun 2008, kepemimpinan pada Program Pascasarjana UIR ditunjuk kembali Prof. Dr. Syafrinaldi, S.H., MCL sebagai direktur periode 2008-2012.

kemudian Direktur Program Pascasarjana UIR periode 2012-2016 dipimpin oleh Dr. Hj. Sri Wahyuni, SH., Msi selanjutnya untuk periode 2016-2020 dipimpin oleh Dr. Ir. Saipul Bahri, M.Ec dan Direktur program pascasarjana untuk periode 2020 - Sekarang dipimpin oleh Prof. Dr.H. Yusri Munaf,S.H.,M.Hum

Program Pascasarjana UIR terus berkembang dengan membuka program-program studi baru.Kini Pascasarjana UIR memiliki 7 (tujuh) Program Studi (S2) dan 1 (satu) Program Studi Doktor Hukum (S3):

1. Program Studi Agronomi;SK No. 2283/D/T/2003 tanggal 5 September 2003

2. Program Studi Ilmuhukum; SK No : 681/D/T/2004 tanggal 18 Pebruari 2004

3. Program Studi ImuPemerintahan; SK No:156/D/T/2007 tanggal 29 Januari 2007

4. Program Studi ManajemenAgribisnis; SK No: 490/D/T/2007 tanggal 12 Maret 2007

5. Program Studi TeknikSipil; SK No: 4009/D/T/2007 tanggal 29 Nopember 2007

6. Program Studi Ilmu Administrasi: SK No: 4009/D/T/2007 tanggal 29 Nopember 2007

7. Program Studi Megister Manajemen: SK No: 208/E/0/2022

8. Program Studi Doktor Hukum : Sk No: 29/M/2020 tanggal 8 januari 2020